درود بر شما اعضای آکادمی بیوانفورماتیک پروموتر ??

بخش دوم کدها:

خب دوستان در ادامه بحث کدها که جلسه پیش? در موردشون صحبت کردیم می‌خوایم در مورد accession number هایی که در سایت ncbi وجود دارند بیشتر صحبت کنیم ?

وقتی شما وارد ncbi میشین و یه ژن یا پروتین با ... رو میخواید سرچ کنین? کنارش یه عبارت به نام accession میبینین که یه کد در کنار خودش داره و یه شماره ام جلوشه که کد ها با حروفی مثه NM ، NR و ... شروع شده و جلوش یه سری اعداد قرار گرفته که به کل اینا Accession number گفته می‌شه

حالا میخوایم دونه دونه اینا رو معرفی کنیم تا شما هرجایی اینا رو دیدید سریع بتونین تشخیص بدین??‍♀ که این کد مربوط به چیه ( مثلا مربوط به ژنه یا RNA یا پروتین و ...)

قبل اینکه کدا رو بگم لازمه بدونین که دو تا حالت داریم ? 1⃣ یکی اینکه خودمون دستی ? کد رو بزنیم و به اصطلاح curated باشه و 2⃣ دوم اینکه اتوماتیک? خودش بزنه که اصطلاحا automated میشه

کد های پایین واسه حالت curated ???هستش???

کد های NG و NC هر دو نشون دهنده ی ژنوم ان

کد NM نشون دهنده mRNA هست

کد NR نشون دهنده RNA هستش

کد NP نشون دهنده پروتئینه

????????????????

حالا بریم سراغ حالت automated ???????

اینجا برای معرفی ژنوم از NT و یا NW استفاده میشه

مابقی کدهای اتوماتیکی با حرف X شروع میشن پس تشخیص شون آسون تر میشه مثلا:
کد XM نشون دهنده mRNA هستش
کد XR نشون دهنده RNA هست
و در نهایت کد XP هم به ما پروتین ها رو نشون میده

دوستان قسمت کدها به پایان رسید ?

امیدوارم براتون مفید بوده باشه ما رو به دوستاتون معرفی کنین و حمایتمون کنین?❤️ فعلا بدرود?

لینک کانال مون??? https://t.me/bioinformaticpromoter

درود بر شما اعضای آکادمی بیو‌انفورماتیک پروموتر??

بخش نخست:

خوب ما دفعه پیش در مورد انواع پایگاه‌های داده ?? توی بیوانفورماتیک صحبت کردیم و فهمیدیم که بعضی از پایگاه‌های داده به صورت عمومی عمل می‌کنند ( ینی یه جورایی همه فن حریفن ?‍♀?⛹‍♂?‍♀ و برای یافتن اطلاعات ژن و پروتین و RNA و .. بدرد میخورن ) و برخی دیگه از این بانک ها ( پایگاه های داده) به صورت تخصصی کار میکنن مثلاً فقط در زمینه ژن ها ? فعالیت دارند.
اما امروز می‌خواهیم در مورد کدهایی? صحبت کنیم که برای آسان‌تر شدن دستیابی ما به اطلاعات مورد نیازمونه??

ما برای معرفی جانداران???? ، برای دستیابی به ژن‌ها ?و پروتئین‌ها ??و چیزای دیگه از کدها استفاده می‌کنیم

اینجوری خیلی آسون‌تره و دیگه لازم نیست اسم‌های لاتین? رو که بیشترشون طولانی ان و کلی خطای املایی و نگارشی❌ در پی دارن رو مجبور باشیم بنویسیم
اینجا در مورد این کد ها میخوایم صحبت کنیم ???

<< کد هایی که برای تعیین نوع جاندار میتونیم به کار ببریم>> :

توالی های پریمات ها ?? رو با PRI
توالی های جوندگان ?رو با ROD
توالی های سایر پستانداران ???رو با MAM
توالی های مهره داران ??رو با INV
توالی های گیاه و قارچ و جلبک ???رو با PLN
توالی های باکتریایی ?رو با BCT
توالی های ویروسی? رو با VRL
توالی های باکاریوفاژی? رو با PHG
توالی های مصنوعی ? رو با SYN نشون میدیم این کد های مربوط به جانداران بود

خب یه سری کدهارم داریم که اینا میان خصوصیات اون توالی های ?? ما رو بهمون میگن ?

مثلا بهمون میگن که این توالی ای که سرچ کردیم آیا ازش بیان شده یا نه ( ینی آیا ازش پروتین اینا داریم یا نداریم?)

یا مثلا این توالی ای که سرچ کردیم آیا زیاد ازش بیان میشه و پرکاره یا نه ؟

<< توصیف توالی هایی که سرچ کردیم>>???

کد EST به معنی توالی هاییه که ازشون بیان شده (اینجا به کم و زیاد بودنش کاری نداریم?)

کد PAT به معنی توالی هاییه که ثبت امتیاز شدن ?

کد STS به معنی نواحی ای هستش که توالی مورد نظرمون توش برچسب خورده?

کد GSS به معنی توالی هایی هستن که باهاشون میشه ژنوم رو بررسی کرد

کد HTG به معنی توالی هایی هستش که توان عملیاتی بالایی داره ینی زیاد ازش بیان میشه ، ینی زیاد ازش پروتین داریم?

کد HTC  مشابه همون بالاییه فقط این برای توالی هاییه که توی cDNA حضور دارن
کد ENV مربوط به توالی هایی میشه که از محیط نمونه برداری شدن?

خب دوستان بخش نخست کدها به پایان رسید خیلی ازتون ممنونیم که همچنان همراه مون هستین دمتون گرم اگه نظر یا پیشنهادی دارین خیلی ممنون میشیم بهمون بگید ❤️فعلا بدرود??

ما رو به دوستان معرفی کنید?
https://t.me/bioinformaticpromoter

سلام دوستان عزیز! ?

با کلی انرژی و انگیزه برگشتیم! ?? از همین لحظه، فعالیت‌های ما دوباره با قدرت شروع میشه و منتظر مطالب جذاب و پروژه‌های هیجان‌انگیز باشید!

با تشکر از صبوری و همراهی شما،
آکادمی بیوانفورماتیک پروموتور ?

دوستان عزیز! ?

خبر خوب! از این به بعد، کامنت‌های شما در کانال باز هستند و ما مشتاقانه منتظر نظرات، انتقادات و پیشنهادات شما هستیم. ??

هرگونه ابهام، سوال یا پیشنهادی که دارید، می‌توانید در بخش کامنت‌ها مطرح کنید. نظرات شما باعث خوشحالی و پیشرفت ما خواهد شد و به ما کمک می‌کند تا محتوای بهتری ارائه دهیم. ??

با سپاس فراوان،
آکادمی بیوانفورماتیک پروموتور ?

سلام دوستان عزیز!

به دلیل امتحانات پایان ترم، فعالیت کانال ما تا هفته اول تیر ماه کم خواهد شد. اما قول می‌دهیم بعد از آن با قدرت دو برابر به فعالیت‌های خود ادامه دهیم و محتوای جذاب و آموزشی بیشتری برای شما عزیزان آماده کنیم. ??

لطفاً نظرتان را در مورد این برنامه با رأی دادن به ما بگویید:

منتظر نظرات شما هستیم! ??

با سپاس،
آکادمی بیوانفورماتیک پروموتور ?

درود بر اعضای آکادمی بیوانفورماتیک پروموتور ??

دوستان وقتتون بخیر❤️

امروز می‌خوایم به صورت مفصل در مورد پایگاه‌های داده صحبت کنیم . پایگاه‌های داده در واقع بانک‌هایی ?  هستند که اطلاعات زیستی ما رو در خودشون ذخیره می‌کنند .

سه پایگاه داده‌ای خیلی مهم وجود داره که ما اونا رو می‌خوایم به شما معرفی کنیم:

1⃣  اولین مورد  Gene bank  هستش که در مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی NCBI تحت نظارت موسسات ملی بهداشت NIH قرار داره.??

2⃣ پایگاه بعدی  DDBJ ژاپن  هستش ??

3⃣ پایگاه آخر نیز مربوط به آزمایشگاه زیست شناسی مولکولی اروپا یا EMBL هست .??

البته رابطه بین این پایگاه‌های داده نیز مهم است و اینجوری نیست که هر پایگاه داده فقط برای خودش کار کنه بلکه این سه تا پایگاه داده اطلاعات خودشونو روزانه به اشتراک می‌ذارند ،  هماهنگی بین این پایگاه‌های داده توسط نهادی به اسم INSDC صورت میگیره تا ما بتونیم به اطلاعات یکپارچه ای دسترسی داشته باشیم.?

ما پایگاه‌های داده‌ای دیگه ایم داریم که صورت تخصصی در زمینه‌های DNA یا پروتئین کار می‌کنند  مثلا پایگاه داده PDB در آمریکا که بزگترین بانک داده‌های ساختار سه بعدی ماکرو مولکول‌های زیستی رو تو خودش نگهداری میکنه پس میشه از همین نتیجه گرفت که برای داکینگ مولکولی سایت PDB بسیار بسیار مهم است.

یا مثلا  پایگاه داده OMIM که مجوعه‌ای از ژن‌ها و اختلالات ژنتیکی انسانی را در خود جای داده و تحت نظارت NCBI آمریکا کار می‌کنه و مثال آخر هم پایگاه توالی پروتئین SWISSPORT که اطلاعات توالی‌هایی رو داره که با ساختار ویژه‌ای به نمایش گذاشته شدن یعنی هر فیلد در یک سطر قرار داده میشه و ارتباطات بین توالی‌ها رو به ما نشون  می‌ده در حالی که سایر پایگاه‌های داده چنین نیستند این پایگاه داده همانطور که از اسمش پیداس وابسته به موسسه بیوانفورماتیک سوئیسه ??

ولی سر و کار اصلی ما بیشتر با اون سه تا1⃣2⃣3⃣ پایگاه داده اصلیه که قبلا اسمشو گفتیم به ویژه NCBI که به نوعی مشهورترین پایگاه داده میان بیولوژیست‌ها?‍⚕ و بیوانفورماتیسین‌ها?‍? هستش.

برخی از این پایگاه‌های داده به کتابخانه‌هایی ??از مقالات متصل هستند مانند NCBI که به کتابخانه PUBMED وصل  است و شما می‌توانید مقالات مربوط به اون چیزی که تو NCBI سرچ کردید رو در PUBMED پیدا کنین.

دوستان با ما همراه باشید تا به شما بیوانفورماتیک رو به ساده ترین شیوه آموزش بریم?‍??‍?

ما رو به دوستان معرفی کنید لینک کانال???
https://t.me/bioinformaticpromoter

به دلیل جمع آوری محتوی و همچنین عضو گیری فعالیت کانال از ماه بعد استارت زده میشود

درود بر شما دوستان وقتتون بخیر??

ما تیم آکادمی بیوانفورماتیک پروموتور هستیم و قصد داریم بیوانفورماتیک رو به صورت رایگان برای شما دوستان از هر رشته ای ( علوم پزشکی ، علوم زیستی،علوم کشاورزی، علوم کامپیوتر) از پایه تدریس کنیم?

نگران هیچ پیشنیازی هم نباشید ما زیست رو برای بچه های کامپیوتر ارائه میدیم و مبنای کامپیوتر و برنامه نویسی ( به ویژه R ) رو براتون توضیح میدیم?‍??‍⚕

همچنین یک گروه رفع اشکال داریم ? که در اونجا شما میتونید سوالات خودتونو مطرح کنید❤️

ما منتظر شما هستیم?❤️