🔜 ۳ ساعت دیگر، در سی و چهارمین #ژورنال_کلاب شاخه‌ دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، با شما عزیزان همراه خواهیم بود.

🟢یوتوب گردی این هفته درباره یک رویاست. رویای درمان بیماری از اتاق نشیمن ما. در این ویدئو Laurence Liang به این موضوع میپردازد که چگونه میتوان با استفاده از #بیوانفورماتیک ، این رویا را به واقعیت مبدل کرد. او در سخنرانی خود در TEDx به پتانسیل تحول‌آفرین بیوانفورماتیک می‌پردازد و پیشنهاد می کند که افراد ممکن است به زودی بتوانند بیماری های صعب العلاج را از آسایش خانه خود درمان کنند.

✔️لیانگ به‌عنوان یک توسعه‌دهنده نرم‌افزار و دانشجوی مهندسی در دانشگاه مک‌گیل، سهم قابل توجهی در این زمینه داشته است. او برنامه نویسی را در ۱۴ سالگی آغاز کرد و بر تعاملات ژنومی و هوش مصنوعی تمرکز کرده است.

⚠️ از کار های او می‎توان به شناسایی ژن‌های غیر کدکننده‌ای که به طور بالقوه می‌توانند پیشرفت COVID-19 را متوقف کنند، اشاره کرد. این رویکرد نوآورانه تلاقی فناوری و مراقبت های بهداشتی را برجسته می کند.

🎮دستاوردهای لیانگ در رویدادهای معتبری مانند نمایشگاه علمی سراسر کانادا و Regeneron ISEF شناخته شده است. او بر اهمیت مشارکت جامعه در ماموریت جهانی ریشه کنی بیماری تاکید می کند.

⭐️با تماشای این ویدیو می‌توانید اطلاعات بیشتری در مورد این موضوع کسب کنید.

🎥مشاهده ویدئو کامل یوتوب.

🔍گردآورنده: یاسمین آشتیانی

📱Telegram
📱LinkedIn
📱Instagram

#یوتوب‌گردی

استنتاج ارتولوژی چیست؟

📌استنتاج ارتولوژی برای فهم روابط تکاملی بین ژن‌ها در گونه‌های مختلف بسیار مهم است. ژن‌های ارتولوگ آن‌هایی هستند که از یک اجداد مشترک از طریق یک رویداد گونه‌زایی منشأ گرفته‌اند، و شناسایی این ژن‌ها به حاشیه‌نویسی عملکردی در میان گونه‌ها کمک می‌کند.

📎FastOMA:
ابزار قدرتمندی است که برای انجام استنباط ارثولوژی در مقیاس بزرگ طراحی شده است.

📎مقیاس پذیری:
ابزار FastOMA به چالش مقیاس‌پذیری در استنتاج ارتولوژی می‌پردازد. روش‌های قدیمی با مجموعه داده‌های بزرگ مقابله می‌کنند اما FastOMA می‌تواند هزاران ژنوم یوکاریوتی را در یک روز مدیریت کند. این امر از طریق ترکیبی از الگوریتم‌های کارآمد و محاسبات موازی به دست می‌آید.

📎 دقت و وضوح:
علیرغم سرعت، FastOMA دقت و وضوح بالایی را حفظ می‌کند، شبیه به رویکرد ماتریس ارتولوگ (OMA) به خوبی تثبیت شده است که اطمینان می‌دهد که ارتولوگ‌های استنباط شده قابل اعتماد هستند و می‌توانند برای تجزیه و تحلیل‌های مختلف پایین دست استفاده شوند.

📎 الگوریتم:
ابزار FastOMA بازنویسی کاملی از الگوریتم OMA است که از ابتدا بر مقیاس پذیری تمرکز دارد که از چندین تکنیک ابتکاری استفاده می‌کند:

🔤 خوشه‌بندی همسانی فوق سریع: با استفاده از k-mers، FastOMA توالی‌های همولوگ را به سرعت خوشه‌بندی می‌کند.

🔤نمونه‌گیری فرعی با هدایت تاکسونومی: این تکنیک به کاهش اندازه مجموعه داده‌ها بدون به خطر انداختن دقت استنتاج ارتولوژی کمک می‌کند.

🔤محاسبات موازی: FastOMA به‌طور موثر از محاسبات موازی برای پردازش سریع‌تر مجموعه داده‌های بزرگ استفاده می‌کند.

🔤 برنامه‌های کاربردی:
توانایی FastOMA برای شناسایی سیستماتیک ارتولوگ‌ها، چندین تحلیل پایین دستی را امکان پذیر می‌کند، از جمله:
🔣انتشار حاشیه نویسی
🔣 فیلوژنومیکس
🔣پروفایل فیلوژنتیکی

این برنامه‌ها برای درک روابط تکاملی و حاشیه نویسی‌های عملکردی در گونه‌های مختلف ضروری هستند.

🔤 در دسترس بودن
ابزار FastOMA در GitHub در دسترس است و برای محققان و توسعه دهندگان قابل دسترسی است. پژوهشگران می‌توانند از آن برای مطالعات ژنومی خود استفاده کنند و حتی به توسعه آن کمک کنند.

✔️ ابزار FastOMA با بهبود چشمگیر سرعت و مقیاس پذیری فرآیند بدون از بین بردن دقت، استنتاج ارثولوژی را متحول می‌سازد. این ابزار قدرتمندی برای مطالعات مقایسه‌ای ژنومیکس در مقیاس بزرگ است که به محققان این امکان را می‌دهد تا یافته‌های معناداری را از مجموعه داده‌های ژنومی گسترده به دست آورند.

🖼LinkedIn
🚀Telegram
🖼Instagram

❄ اولیـــن ژورنـــال کــلاب زمســتانـه

✨ سی‌‌یکمین #ژورنال_کلاب شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران
?موضوع:
Discovery and "off-target" mechanisms off all drugs

??‍? با حضور جناب آقای دکتر آرش صدری

??‍?جناب آقای دکتر آرش صدری فارغ‌التحصیل دکترای عمومی داروسازی از دانشگاه علوم پزشکی تهران و دانشجوی PhD در دانشگاه کالیفرنیا، سان فرانسیسکو(UCSF) هستند.

? جهت آشنایی بیشتر با پروژه‌های تحقیقاتی جناب آقای دکتر آرش صدری می‌توانید به اکانت لینکدین ایشان مراجعه کنید.

✔️ سفر کشف مواد دارویی ترکیبی جذاب از علم و تعقیب بی‌وقفه است. کتابخانه وسیعی از مولکول‌ها را تصور کنید که هر کدام دارای پتانسیل تبدیل شدن به یک داروی نجاتبخش را دارا هستند. فرآیند کشف این داروها اغلب با شناسایی یک هدف خاص که به‌طور معمول یک پروتئین یا آنزیم مرتبط با یک بیماری، است آغاز می‌شود.

✔ با این حال، مسیر کشف و توسعه همیشه مستقیم و سرراست نیست. با وجود تسلط و احاطه به کشف داروی مبتنی بر هدف"target" محدودیت‌هایی وجود دارد.

✔ بررسی جامع بیش از ۳۲هزار مقاله و حق ثبت اختراع نشان داده است که تنها حدود ۹.۴٪ از داروهای مولکولی کوچک با این روش کشف شده‌اند.

✔ اثرات خارج از انتظار زمانی رخ می‌دهد که یک دارو با اهداف ناخواسته تداخل داشته باشد، که می‌تواند منجربه عوارض جانبی یا گاهی اوقات، مزایای درمانی غیرمنتظره شود. این تداخلات همیشه قابل پیش‌بینی نیستند و می‌توانند روند تولید دارو را پیچیده کنند.

✔ به عنوان مثال، دارویی که برای مهار یک آنزیم خاص طراحی شده است، ممکن است بر سایر آنزیم‌ها نیز تأثیر بگذارد و منجر به طیف وسیعی از اثرات بیولوژیکی شود. جالب اینجاست که برخی از موفق‌ترین داروها از طریق غربالگری کشف شدند، که در آن ترکیبات روی سلول‌ها یا ارگانیسم‌ها آزمایش می‌شوند تا اثرات آن‌ها را مشاهده کنند، بدون اینکه اهداف خاص آن‌ها را بدانند.

? زمان برگزاری: یکشنبه ۲ دی ماه
? ساعت برگزاری: ۱۸ به وقت تهران
? ثبت‌نام در سایت رایازی

? Telegram
? LinkedIn
? Instagram

? یلدای علم و نوآوری در زیست‌شناسی محاسباتی! ?

بلندترین شب سال فرصتی ویژه برای دانشجویان و پژوهشگران ایرانی حوزه‌ی زیست‌شناسی محاسباتی به همراه دارد!

? گروه تحقیقاتی رایازی، با همکاری انجمن RSG Iran و با هدف ارتقای توان علمی دانشجویان و تسهیل ارتباط تیم‌های پژوهشی، بستری فراهم کرده تا شما بتوانید با اساتید برجسته ایرانی در حوزه‌‌ی زیست شناسی محاسباتی، از دانشگاه‌های معتبر جهان در پروژه‌های تحقیقاتی همکاری کنید.

? در مرحله اول، پروپوزال‌های پژوهشی منتخب از طریق سایت رایازی در اختیار شما علاقه‌مندان قرار خواهد گرفت.

? با مطالعه این پروپوزال‌ها، می‌توانید تمایل خود را برای مشارکت در پروژه‌های مرتبط اعلام کنید.

✅ انتخاب افراد براساس توانایی پاسخگویی به پرسشنامه اختصاصی هر پروژه و بررسی رزومه شما توسط اساتید انجام خواهد شد.

? رایازی تنها به‌عنوان پلی ارتباطی عمل می‌کند و انتخاب تیم‌ها و پیشبرد پروژه‌ها بر عهده اساتید است.

⭐️ اگر به دنبال توسعه دانش و مهارت‌های خود در این حوزه هستید، این فرصت را از دست ندهید!

✨ یلدایتان پر از دانش، نوآوری و موفقیت! ✨

? Rayazi Group
? Bioinformatic Research Group

?یوتوب گردی این هفته درباره ابرهوش مصنوعی (SAI) است که به نوعی هوش‌مصنوعی اشاره دارد که در تقریباً هر جنبه‌ای از هوش انسانی پیشی می‌گیرد.
این ویدیو در مورد اینکه ابرهوش مصنوعی چیست، چقدر با توسعه آن فاصله داریم و مزایا و خطرات احتمالی مرتبط با آن بحث می‌کند.

✔️برخی از مزایای بالقوه ابرهوش مصنوعی شامل حل مشکلات پیچیده‌ای مانند تغییرات اقلیمی و تحقیقات پزشکی، انقلاب در مراقبت‌های بهداشتی و بهینه‌سازی منابع انرژی تجدیدپذیر است.
⚠️با این حال، خطرات مهمی نیز وجود دارد، مانند از دست دادن کنترل، سوء استفاده برای اهداف مخرب و چالش‌های اخلاقی.

?این ویدیو همچنین به مثال‌های واقعی از پیشرفت‌های هوش مصنوعی اشاره می‌کند، مانند هوش‌مصنوعی که می‌تواند کد خود را بنویسد و هوش‌مصنوعی که قادر به تحلیل پرونده‌های پزشکی است.

⭐️با تماشای این ویدیو می‌توانید اطلاعات بیشتری در مورد ابر هوش مصنوعی کسب کنید.

?مشاهده ویدئو کامل یوتوب.

?گردآورنده: سارا فریدونی

?Telegram
?LinkedIn
?Instagram

#یوتوب‌گردی

?Get to Know the Speakers of the Fifth CB Talk!?

⭐️Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni is a molecular geneticist and bioinformatics expert who has completed his postdoctoral research at the Department of Human Molecular Genetics and Laboratory of High Throughput Technologies (LHTT) at Adam Mickiewicz University in Poland.

✨He is now working as a researcher at the German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), focusing on molecular and computational approaches to understanding the mechanisms underlying neurodegenerative diseases.
Dr. Eskandarian Boroujeni’s work involves exploring transcriptional regulation, immune responses, and gene therapy strategies for neurodegenerative conditions such as Alzheimer’s and Parkinson’s disease.

⚡️He has an interdisciplinary background that bridges molecular biology and computational biology, utilizing advanced bioinformatics techniques to analyze large datasets and investigate the molecular processes involved in these diseases.

✔️His research contributions have been widely recognized, and he continues to be Involved In significant collaborations and presentations in the field. His work has been featured in various peer-reviewed journals, emphasizing the molecular mechanisms of neurodegeneration and innovative therapeutic approaches.

?In his upcoming speech at the 5th CB Talk, titled "From Brain to Blood Vessels: Decoding the Role of Inflammatory Response," Dr. Mahdi Eskandarian Boroujeni will delve into the complex relationship between inflammation and both the nervous and vascular systems.
➕He will highlight the crucial role inflammation plays in neurodegenerative diseases like Alzheimer's and Parkinson's, where inflammatory responses lead to neuron death.

➕One of his studies has shown that viruses, including COVID-19, can trigger severe inflammatory reactions in the brain, resulting in significant neuron damage.

➕In the vascular system, chronic inflammation can damage blood vessel walls, contributing to conditions such as atherosclerosis. This damage is not limited to blood vessels but can also impact the nervous system, further accelerating the progression of neurodegenerative diseases.

➕Dr. Eskandarian emphasizes the importance of understanding these inflammatory mechanisms and the interactions between the nervous and vascular systems to develop new therapeutic strategies. Computational biology methods are particularly effective in advancing this research, potentially leading to more effective treatments for both neurological and vascular conditions.

?Registeration & Details?

?Telegram
?LinkedIn
?Instagram

#cb_talk

?با سخنرانان پنجمین CB Talk بیشتر آشنا شوید!
⭐️دکتر مهدی اسکندریان بروجنی متخصص ژنتیک مولکولی و بیوانفورماتیک است که دوره پسادکترای خود را در بخش ژنتیک مولکولی انسانی و آزمایشگاه فناوری‌های پیشرفته (LHTT) در دانشگاه آدام میتسکیویچ لهستان به پایان رسانده است.

✨او در حال حاضر به عنوان محقق در مرکز آلمانی بیماری‌های نورودژنراتیو (DZNE) مشغول به کار است و تمرکز اصلی تحقیقاتشان بر روش‌های مولکولی و محاسباتی برای درک مکانیسم‌های بیماری‌های نورودژنراتیو است.
تحقیقات دکتر اسکندریان بروجنی شامل بررسی تنظیمات رونویسی، پاسخ‌های ایمنی، و استراتژی‌های ژن‌درمانی برای بیماری‌های نورودژنراتیو مانند آلزایمر و پارکینسون است.

⚡️ایشان با داشتن یک پیش‌زمینه میان‌رشته‌ای که زیست‌شناسی مولکولی و بیوانفورماتیک را با هم ترکیب می‌کند، از تکنیک‌های پیشرفته محاسباتی برای تحلیل داده‌های بزرگ و مطالعه فرآیندهای مولکولی مرتبط با این بیماری‌ها استفاده می‌کند.

✔️دستاوردهای پژوهشی ایشان به‌طور گسترده مورد توجه قرار گرفته است و کارهای او بر مکانیسم‌های مولکولی تخریب بافت عصبی و رویکردهای درمانی نوآورانه متمرکز است.

?دکتر مهدی اسکندریان بروجنی در سخنرانی خود در پنجمین CB Talk، با موضوع "از مغز تا رگ‌های خونی: رمزگشایی از نقش پاسخ التهابی" به بررسی ارتباط پیچیده بین التهاب و سیستم‌های عصبی و عروقی خواهد پرداخت.
➕ایشان به نقش کلیدی التهاب در بیماری‌های نورودژنراتیو مانند آلزایمر و پارکینسون اشاره خواهند کرد، جایی که پاسخ‌های التهابی منجر به مرگ نورون‌ها می‌شود. یکی از تحقیقات ایشان نشان داده که ویروس‌ها، از جمله ویروس کووید-۱۹، می‌توانند واکنش‌های التهابی شدیدی در مغز ایجاد کرده و باعث مرگ نورون‌ها شوند.

➕در سیستم عروقی، التهاب مزمن می‌تواند دیواره‌های رگ‌های خونی را تخریب کرده و منجر به مشکلاتی مانند آترواسکلروز شود. این آسیب‌ها نه تنها به رگ‌ها بلکه به سیستم عصبی نیز منتقل می‌شوند، که به توسعه بیشتر بیماری‌های نورودژنراتیو منجر می‌شود.

➕درک دقیق مکانیسم‌های التهابی و تعاملات بین سیستم‌های عصبی و عروقی برای توسعه روش‌های درمانی جدید بسیار اهمیت دارد. روش‌های زیست‌شناسی محاسباتی در این زمینه بسیار موثر است و این مطالعات می‌تواند به کشف درمان‌های مؤثرتر برای بیماری‌های عصبی و عروقی کمک کند.

?ثبت‌نام و جزئیات رویداد?

?Telegram
?LinkedIn
?Instagram

#cb_talk

?با سخنرانان پنجمین CB Talk بیشتر آشنا شوید!

⭐️دکتر کاترین پیلمن یک محقق برجسته در زمینه بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی مولکولی‌ است. او به‌عنوان مدیر گروه تنظیم ژن در مرکز زیست‌شناسی سرطان در دانشگاه استرالیای جنوبی مشغول به کار است.
?تحقیقات او به‌طور عمده بر روی تنظیم ژن‌ها در سلول‌های سرطانی متمرکز است و او از تکنیک‌های بیوانفورماتیکی و آنالیز داده‌های نسل جدید توالی‌یابی برای بررسی شبکه‌های تنظیمی ژن‌ها، RNAهای حلقوی (circRNA)، میکرو RNAها و تغییرات اسپلایسینگ جایگزین(Alternative splicing) استفاده می‌کند.

?بخشی از رزومه‌ی دکتر پیلمن:
?یکی از دستاوردهای برجسته دکتر پیلمن و همکارانش کشف پروتئین Quaking است که در تنظیم اسپلایسینگ حلقوی و اسپلایسینگ جایگزین در سرطان‌ها نقش کلیدی دارد. این کشف او در مقاله‌ای در مجله Cell منتشر شد که به‌عنوان یک یافته مهم در زمینه زیست‌شناسی RNA و نقش آن در سرطان‌ها مورد توجه قرار گرفت. تحقیقات او همچنین به تحلیل شبکه‌های تنظیمی میکروRNAها پرداخته است که نقش مهمی در مهاجرت سلول‌های سرطانی دارند.
➡️The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

?دکتر پیلمن دکترای خود را در سال ۲۰۰۹ از دانشگاه آدلاید دریافت کرده است و پس از یک دوره تحقیقاتی پسا‌دکترا در دانشگاه ایالتی اورگان به استرالیا بازگشت تا نقش فعلی خود را بر عهده بگیرد. همکاری او با پروفسور Greg Goodall در زمینه بیوانفورماتیک و تنظیم ژن نیز بسیار تاثیرگذار بوده است.

?ثبت‌نام و جزئیات رویداد?

✔️آشنایی با مرکز زیست‌شناسی سرطان استرالیا:
➕مرکز زیست‌شناسی سرطان(Centre for Cancer Biology) یکی از موسسات برجسته تحقیقاتی پزشکی در استرالیاست که از اتحاد بین دانشگاه استرالیای جنوبی (UniSA) و SA Pathology تشکیل شده است. این مرکز به تحقیقات نوآورانه در زمینه علل اصلی سرطان پرداخته و یافته‌های خود را به راهکارهای جدید برای پیشگیری و درمان این بیماری تبدیل می‌کند. این مرکز با بیش از ۲۲ تیم تحقیقاتی در حوزه‌های مختلفی از جمله لوسمی، سرطان پستان، سرطان پروستات، سرطان پوست، سرطان مغز و سرطان روده فعالیت دارد و تحقیقات گسترده‌ای در زمینه ژنومیک سرطان و تنظیم ژن انجام می‌دهد.

➕مرکز زیست‌شناسی سرطان با استفاده از تجهیزات پیشرفته مانند نسل جدید توالی‌یابی (NGS) و همکاری با بیمارستان رویال آدلاید و سایر موسسات، تحقیقات خود را با کاربردهای بالینی پیوند می‌دهد. این مرکز همچنین با شرکت‌های داروسازی بین‌المللی همکاری می‌کند تا یافته‌های خود را سریع‌تر به درمان‌های جدید تبدیل کند.

➕این مرکز بخشی از پردیس بیومدیکال آدلاید است که در ساختمانی به ارزش ۲۴۷ میلیون دلار قرار دارد و بزرگ‌ترین تجمع محققان سرطان در جنوب استرالیا را در خود جای داده است.

?Get to Know the Speakers of the Fifth CB Talk!

⭐️Dr. Katherine A. Pillman is a distinguished researcher in bioinformatics and molecular biology. As the Head of the Gene Regulation Group at the Centre for Cancer Biology, University of South Australia, her research primarily focuses on gene regulation in cancer cells. She utilizes bioinformatics and next-generation sequencing (NGS) data analysis to investigate gene regulatory networks, circular RNAs (circRNAs), microRNAs, and alternative splicing changes in cancer.

?Key Achievements:
?One of Dr. Pillman’s notable contributions is the discovery of the Quaking protein, which plays a crucial role in regulating circular and alternative splicing in cancer. This discovery was published in the journal Cell, making a significant impact in the field of RNA biology and its role in cancer progression. Her research also delves into the microRNA regulatory networks that influence cancer cell migration.
➡️The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

?Dr. Pillman received her PhD from the University of Adelaide in 2009 and later pursued postdoctoral research at Oregon State University. She returned to Australia to take on her current role and has been collaborating with Professor Greg Goodall, a leading figure in bioinformatics and gene regulation research.

?Registration & Details?

?Telegram
?LinkedIn
?Instagram

#cb_talk